U hiporehabilitace se uplatňují, jako u řady jiných rehabilitačních technik, nespecifické faktory, např. vliv tepla, taktilní kožní podněty, cvičení proti odporu, podpůrné reakce, obranné reakce proti pádu, labyrintové reflexy, hluboké bederní a šíjové posturální reflexy, iradiace podráždění, protahování zkrácené tkáně a aktivace limbického systému. Kromě toho však při hipoterapii působí specifické prvky, které jsou charakteristické pouze pro tuto metodu. Jedná se o několikarozměrné pohybové podněty, které se na pacienta přenášejí z hřbetu koně pohybujícího se v kroku. Hřbet koně tak vytváří balanční plochu rytmicky se pohybující v prostoru. Dynamický posturální systém pacienta je vystaven masivní proprioceptivní stimulaci, na kterou se musí adaptovat, a tato opakovaná aktivace centrálního nervového systému vede ke změnám globálních motorických vzorů.[1]

Hipoterapeutická intervence může mít za následek např. změny v provedení chůze, zlepšení hrubé motoriky, spasticity, svalové asymetrie, funkčních rozsahů některých pohybů nebo posturální stability a posturální kontroly. Je vhodná pro děti od 2 měsíců. Dlouhodobé vědecké studie prokázaly, že právě v prvních letech života je tento způsob léčby nejúčinnější, a to díky vysoké plasticitě řídící složky pohybového systému centrální nervové soustavy. Hipoterapie je nejvhodnější pro klienty postiženými dětskou mozkovou obrnou, svalovou atrofií, hypotonií/hypertonií, epilepsií, autismem, Downovým syndromem, ADHD, opožděným vývojem a dalšími poruchami tělesnými i psychickými. Rozsah účinku léčby ovlivňuje výběr způsobu hiporehabilitace, pravidelnost cvičení, rozsah postižení a věk klienta a jeho samotný přístup k léčbě.

Vědecké studie prokázaly statisticky významné zvětšení rozsahu pohybu v kloubech dolních končetin a zlepšení téměř všech posturálně-lokomočních funkcí (chůze, vysazení na koně, držení trupu, hlavy, pánve, dolních končetin) u dětí s dětskou mozkovou obrnou.[2] Posturální a lokomoční systém patří mezi základní funkční systémy pohybového aparátu, tzv. hrubou motoriku. Ta má za úkol zajistit stabilitu původní polohy v klidu a současně umožnit změnu polohy jednotlivých částí i celého těla tak, aby pohybová soustava byla schopna zajistit základní životní potřeby.

Z výsledků studie sledující vliv hipoterapie na postavení pánve, kdy bylo provedeno měření inter-kondylického indexu a Collis příznaku (vypovídají o stavu svalového napětí adduktorů a flexorů kyčelních kloubů), vyplývá, že došlo skutečně k signifikantnímu zlepšení postavení pánve a tím sekundárně i globální motoriky. Navíc po týdenní intenzivní hipoterapii došlo k dalšímu zlepšení všech sledovaných parametrů, kdy se do centrálního nervového systému dostávaly proprioceptivní informace strukturou a charakterem mnohem bližší fyziologickému obrazu, podobnému jako je u zdravých dětí. Sekundární vliv fyziologického postavení pánve působil změnu stereotypu dýchání a diferenciace břišních svalů a ovlivnil celkové vzpřímení těla.[3] Hiporehabilitace má také prokazatelný vliv na zlepšení jemné motoriky, vnímání prostoru, rytmu, pravolevé orientace, vizuomotoriku a vizuorecepci, ale také na rozvinutí mluvy. Koně totiž nutí pacienty při kontaktu s ním využívat více smyslů najednou.

Review zpracovávající výsledky několika nedávných vědeckých studií u dětí se speciálními potřebami potvrzuje, že mnohočetným ovlivněním systémů senzorického, svalového, kosterního, limbického, vestibulárního a zrakového simultánně pomocí hipoterapie dochází k prokazatelným pozitivním efektům psychologickým, sociálním a v oblasti učení.[4] Většina klientů popisuje pozitivní vliv hiporehabilitace na psychiku. Jízda na koni představuje pro pacienty mentální uvolnění, kdy nejsou v nemocničním prostředí, z hřbetu koně zapomenou na všechny své povinnosti a starosti.

Zvyšují si své sebevědomí a věří si víc nejen na koni, ale i v životě. Díky přítomnosti i dalších pacientů, jejich rodičů a hipoterapeutů se pozitivně rozvíjí i schopnosti pacienta v sociální oblasti. Navazuje tak nové společenské vztahy a vytváří si pocit sounáležitosti a pocit, že někam patří, což v klientovi vzbuzuje motivaci ukázat nejen sobě, ale i svým blízkým další pokroky.

Lze tedy jednoznačně prokázat, že hipoterapie má statisticky doložené účinky na zlepšení nejen psychického stavu klientů a jejich sociálního začleňování, ale také léčebné efekty na funkce pohybové soustavy. Hiporehabilitace si tak začíná upevňovat svoje postavení v široké škále rehabilitačních postupů, kdy se navázání kontaktu s přírodou a využití zvířat při léčbě stále více uplatňuje nejen v rehabilitaci, ale také v psychiatrii a dalších odborných oblastech evropského, ale i českého lékařství.

Předpokladem dosažení požadovaných výsledků hiporehabilitace je správný výběr koně. V současné době neexistuje univerzální plemeno vhodné právě k tomuto účelu. Vhodnost koně je dána jeho konkrétními individuálními charakteristikami, a to jak fyzickými, tak i psychickými. Hlavní roli v hiporehabilitaci na rozdíl od běžného jezdectví nehraje kůň, ale pacient, kterému se musí právě kůň přizpůsobit. Ten tak představuje terapeutický nástroj, jenž musí být schopen reagovat na veškeré pokyny ze strany terapeuta, cvičitele jezdectví. Při výběru se především zohledňuje jeho:

• zdravotní stav – kůň musí být fyzicky dokonale zdravý a symetrický, jakákoli nerovnost či defekt přenáší na pacienta patologické pohyby, důraz se klade zejména na kvalitu pohybu koně – čistota a pravidelnost jeho chodu,
• klidný a vyrovnaný charakter – kůň musí být schopen absolvovat jak základní, tak i speciální výcvik (znalost rehabilitačních ortopedických pomůcek jako např. vozíček, chodítko, berličky); zároveň musí být připravený na neobvyklé rušivé vlivy z okolí i ze strany pacientů, být snadno ovladatelný a zvyklý na kontakt a doteky neznámých lidí.

Konkrétní nároky na koně se liší dle metody rehabilitace, kdy nejvyšší jsou kladeny na koně určené pro hipoterapii a parajezdectví. Dokonalý fyzický stav koně je nutné udržovat pravidelnými výcviky, duševní klid a vyrovnanost pak příjemným prostředím, vhodnou stravou a pravidelnou péčí.

Organizace Hiporehabilitace Brno z. s. využívá koně plemeno Quarter Horse, též nazýváno jako americký honácký kůň. Toto plemeno patří k jednomu z nejstarších v USA. Všichni hiporehabilitační koně spolku disponují prokazatelným původem, jsou naprosto zdraví, ve výborné kondici, psychicky zcela vyrovnaní, výjimečně klidní, nelekaví a spolehliví. Pro hiporehabilitace je tento kůň vhodný díky své stavbě těla, nízké kohoutkové výšce a především laskavé a klidné povaze. Pro zvířata je zajištěna co nejlepší péče, koně žijí v optimálních podmínkách, stádovým způsobem na pastvině, kde mají neustále k dispozici pastvu, seno, vodu, přístřešky a stín vzrostlých stromů.

Intenzitu terapií je nutné zvolit dle individuálních potřeb a aktuálního stavu daného klienta.
Je zapotřebí zohlednit velké množství faktorů ovlivňujících režim rehabilitace – diagnóza, věk, vývojové období, aktuální fyzický a psychický stav, užívání léků aj.
Je nezbytné zohlednit také jiné metody rehabilitace, které klient využívá a zvolit vhodnou kombinaci s hipoterapií.
U hipoterapie je vhodné střídat intenzivní cykly s méně náročnými. Např. měsíc intenzivní hipoterapie a další měsíc více relaxační.
Jako u každé rehabilitace je důležitá pravidelnost terapií.  
Optimální intenzita je 1×  - 2× týdně, maximálně 3× týdně. Záleží na daném klientovi a režimu.